From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Sun Aug 16 22:13:58 2009
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Sun, 16 Aug 2009 22:13:58 +0900
Subject: [Glang-devel] 1.8.9 released
Message-ID: <34665E95-96B4-4BE2-85F6-4CA3C17AB0C4@sfc.keio.ac.jp>

g.

1.8.9リリースしました。
が、変更点が多いための区切りリリースで、まだオーバーホール途 
中なのでちょっと不安定な部分があるんじゃないかと思います。

開発者向けのリリースだと考えておいて下さい。



changelogは以下の通り。

   * changed set_operon() to support DOOR database instead of ODB.
   * optimized G::Seq::Align
   * optimized G::Seq::AminoAcid
   * added msg_datafile()
   * added opt_inputType()
   * added URL support for readFile. Now you can do
<code perl>print readFile('http://togows.dbcls.jp/entry/pubmed/12538262') 
</code>
   * bug fix around $gb->output() for format other than GenBank.
   * support for taxonomy annotation for GenBank files (header)  
(contributed by Haruo Suzuki)
   * added -slide option to gcskew()
   * $gb->rRNA() can now specify the subunit type. (contributed by  
Haruo Suzuki)
   * updated generateGMap (new map controller, xy2latlng function,  
apikey option)
   * updates SubOpt to handle graph and data directories on a timely  
fashion
   * added G::Seq::PatSearch::kmer_table() and cgr()


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