From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Mon Apr 14 16:38:03 2008 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Mon, 14 Apr 2008 16:38:03 +0900 Subject: [Glang-users] =?iso-2022-jp?b?GyRCJSYlJyVWJUklLSVlJWElcyVIGyhC?= Message-ID: g. ドキュメントのPerlコードにシンタックスハイライトを入れる ようにしました。 dokuwikiはのように、言語を指定すると 勝手にシンタックスハイライトをやってくれるんですが、 今まで使っていませんでした。 あと_UniMultiGrapher()をgrapher()に変更。 new G()をload()に変えたりいろいろやらないといけないことは まだありますが、徐々にやっていきます。 というか、助けてくれる人募集：） Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/glang-users/attachments/20080414/91f3aaa7/attachment.htm From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Mon Apr 21 23:24:43 2008 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Mon, 21 Apr 2008 23:24:43 +0900 Subject: [Glang-users] 1.8.3 released Message-ID: <761C4D38-5A07-4E6F-9F71-687B5B575DD5@sfc.keio.ac.jp> g. 1.8.3リリースしました。 GenomeProjectorまわりの細かいfixが多いですが、３つ 新しい機能が追加されています。 1. shuffleseq()にk-merを維持するオプションを付けました。 　 　-kオプションで数字を与えると、k-merの個数（つまり 1<=x<=k全てにおいて） 　を完全に維持し、なおかつ一様なランダムさでランダム配列を作 成してくれます。 　文字の種類（塩基なら例えば4, アミノ酸なら20）を 前提とせず、kも任意で 　完全に個数を維持した配列を作成するのはアルゴリズム的には非常に 　複雑です。詳しくはhelp shuffleseqを見て下さい。 2. $gb->relocate_origin($pos) 配列の1文字目を$posに移動（よって対応するア ノテーションも全て移動） 　したG構造体を返します。これにより、例えば大腸菌のようにori が1文字目 　ではないゲノムを一瞬でoriからはじまるようにできます。 3. $gb->reverse_strand() 　DNAの逆鎖に対応したG構造体を返します。つまり、配列は complement, 遺伝子の並びは逆順、direct/complementが逆転したもの です。 2と3はオブジェクト指向らしく使うと（Perlだと残念 ながら美しくないですが） $gb->reverse_strand()->relocate_origin($ori)->output("out.gbk"); のように、大腸菌ゲノムをoriからスタートさせ逆転した配列の GenBankファイルが作れます。 ＃実際は、$oriを求める時に ＃($ori, $ter) = find_ori_ter($gb->reverse_strand()) ＃をする必要があるが。 例えば遺伝子のリストを見るだけならシェルで以下のようにできます。 $gb->reverse_strand()->relocate_origin($ori)->find() changelogは以下の通り。 ===== v.1.8.3 2008.04.21 ===== *removed deprecated G::Seq::Usage, which was previously integrated to G::Seq::Codon *added error handling for G::Seq::GCskew::gcsi for when genome size is too small *$gb->find() is now case insensitive *bug fix for arrow direction for G::Seq::GenomeMap::circular_map() *added opt_list which shows the default options for Odyssay functions. This is in alpha state. *major update to G::Seq::Primitive::shuffleseq() to support preservation of k-mer count. *added $gb->reverse_strand(), $gb->relocate_origin() *genomicskew() now returns array of references to result arrays *added -at, -purine and -keto options for gcsi() *updated bundled genomes Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/glang-users/attachments/20080421/83aae496/attachment.htm