mzMatch は小さなコマンドライン ツール メタボロミクス データ分析の特定の Java コレクションです。ツールは、質量分析の特定の機能と PeakML ファイル形式へのアクセスを提供する PeakML コア ライブラリの上に構築されます。
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このアプリケーションは、人工ニューラル ネットワークとランダムな森林のアルゴリズムに基づくマイクロエマル ジョン地域から成っていた予測するユーザーことができます。これらの技術を組み合わせることは、意思決定支援システムを作成します。
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シューアは対話的にリー群と対称関数のプロパティを計算するためのスタンドアロン プログラムです。シューアの化学者、数学者、コンピューター科学者に興味の問題の広い範囲に関連性の高い質問に答えるように設計されています.
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ccwatcher は、実行時に計算化学計算の進行状況を監視します。GUI、「コマンド ライン インターフェイス」それ重要な出力をパースしている SCF エネルギーをプロットしていますいます。アボガドロ プラグイン機能が計画されています。
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シミュレーションによるネットワーク生成のリング「厳格な調査」は Fortran90/MPI の分子動力学シミュレーション結果を分析するために開発された科学的なコードです。その主な機能は、リングの統計情報を使用して接続の分析です。
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GaussSumは、有益な情報(構造最適化の進行状況、UV/IR/ラマンスペクトル、MO係数、他)を抽出するためにADF、GAMESS、GAMESS-US、Gaussianの出力を解析します。
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反復処理からベ格子探索アルゴリズムの実装である: ・ アンドリュースとバーンスタイン、Acta の水晶。(1988). A44、1009年 1018年格子と 6 空間内の点とベ格子の選択として減らされた細胞突起によって型します。
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OSRA は、雑誌記事、特許文献、教科書、雑誌などにおいて、化学構造や化学反応をグラフィカルな表現に変換するように設計されたユーティリティです。
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JOELib/JOELib2は、SMARTS構造式での検索、ディスクリプタ計算、パイプのフィルタリング/加工、ファイル形式の変換、外部プログラム(例えばGhemical)のインターフェースなどをサポートした化学情報管理(cheminformatics)ライブラリです。
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データ処理の Java プロジェクト スキャン時間/強度やスペクトルなど科学的なデータを含むテキスト ファイルを操作するために目指しています。Jdpp 持続可能な時間と日付の書式を設定をすべてお読みに大きな柔軟性を提供します。それはもともと MS データを治療するために設計です。
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刺身プロジェクト ホスト トランス プロテオーム パイプライン (TPP)、基づく量産仕様 (MS、MS/MS) のためのツールの成熟したスイート プロテオミクス: 統計的検証、定量、視覚化、および私たちのオープン mzXML 形式に raw の MS データからコンバーター。
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!CueMol - 分子可視化フレームワーク
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!PerlMol は、ケモインフォマティックスと簡単な事べきである単純な」という哲学と計算化学のための Perl モジュールのコレクションです。このツールキットを使用して意味のある「分子マンジング」を行うにワンライナーを書く可能する必要があります。
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IFEFFITは、X線吸収微細構造(XAFS)データの解析のためのインタラクティブなプログラムのセットおよびライブラリです。IFEFFITは、XAFSデータをグラフィカルに表示し、一般的なデータ操作で行える最新の解析アルゴリズムが組み合わされています。
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CIF2Cell は、様々 な電子構造の幾何学的なセットアップ CIF (結晶学情報フレームワーク) ファイルから生成するためのツールです。プログラムは現在インストールされているバージョン、ASE シエスタ、CASTEP、CRYSTAL09、エルク、エキサイティングなフルール、RSPt、SPR KKR、VASP、xyz ファイルを含む、人気のある電子構造プログラムの数の出力をサポートします。プログラムは、コンピューターの物理通信 182 (2011) 1183–1186 で公開されています。寛大に引用してください。