ryuvay 
s_kawamoto ご報告ありがとうございます。
同時接続数にかかわらず、ディレクトリ操作（ディレクトリ作成等）の際はその応答を受け取るまでそれに続く処理（そのディレクトリ内にファイルを作成等）を待機させるようになっており、こちらでは問題は発生しませんでした。 恐らくご利用中のホストが、MKDコマンドを受け取ってから応答を返すまでの間に必ずしもディレクトリを作成しない、あるいはセッション間で同期が取れない仕様になっている可能性があります。
そもそも同時接続自体がFTPの仕様に無いため、同時接続でも問題なく動作するホストもありますし、問題があるか制限されているホスト（以前のYahoo! ジオシティーズ等、現在は対応している模様）もありますので、ホストに応じて設定を使い分けてください。 今回の場合は1.97b以前と同等の動作になるように、「最大同時接続数」を1にし、「メインウィンドウのソケットを再利用」にチェックを入れてください。
ryuvay なるほど、同時接続自体が特殊なわけですね・・・。ftpdの問題というわけですね。たしかに使用しているサーバーは個人の自作サーバーでRidenFTPDを使用しています。一般的ではないのも事実です。FTPというプロトコルの使用上の問題と考えれば納得できますし、確かにそうですね。本来はコマンドラインで動かすべきものをGUIにしてるわけですから、シングルタスクで動くべきプロトコルですよね・・・。思い返せばバカな報告だったと思います。ご対応いただきありがとうございました。
FFFTP
Fork
おそらく、同時接続数を複数にしているときが発生条件になると思われますが、フォルダをまるごとUPしたときにMKDコマンドとサーバー側の実行が間に合わずディレクトリが作成される前にUPしようとして失敗することが時々あるようです。 また、MKDコマンドを発行せずにＵＰしようとして 426 Connection closed; file opening failed (指定されたパスが見つかりません。). が発生しています。 いずれにしても同時に新しいディレクトリにUPしようとしてMKDのタイミングが合ってないのでしょう。