Itoshi NIKAIDO
drito****@gmail*****
2008年 3月 10日 (月) 16:54:54 JST
にかいどうです。 infoseqでProxyを越える方法についてを知りたいということですね。 EMBOSSのコマンドでProxyを越えるには設定ファイルに、 Proxyサーバのアドレスを書き込む必要があります。 echo "set emboss_proxy 'サーバアドレス:ポート番号' " >> ~/.embossrc としてください。サーバアドレスにはproxyサーバのアドレス、 ポート番号にはproxyサーバのアドレスを入力します。 解説すると、EMBOSSの設定はホームディレクトリに .embossrc というファイルを作り、そこに書き込みます。 上のコマンドはそのファイルに proxy サーバの設定を書き込んで います。 ただしEMBOSSのコマンド以外にBioRubyやほかのプログラムからの アクセス方法を別になりますのでまた相談してください。 2008/3/10 kawa-k <kawa-****@mail*****>: > Ｋｎｏｂ−ｆｒｉｅｎｄｓ 関係者 様 > knob-****@lists***** > > 2008-3-10 > > Ｒｅ：proxy設定のある環境からのＫｎｏｂ４．０利用法（問い合わせ） > > > Bioinfomaticsに関心のある生命系教員です。２００８年２月末に出版された 「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」オープンバイオ研究会編（東京電機大学出版局 ISBN 978-4-501-62260-2）を早 > 速購入しKnob 4.0の付属live DVDに収録されているプログラムを走らせています。 > > %%%%%%%% 操作で１つ困った点がありご教示をお願いいたします。%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% > live DVDでKnob 4.0を動かすのに、所属大学のproxy設定のあるインターネット端末 からですと、まったくデータにアクセスできません。たとえばｐ２３の "$ infoseq refseq:NM_138712"を > shell-konsoleから入力しても２−３分後に エラーとかtime-outなどが表示されます。 > > この時、Knob 4.0のコントロールセンターメニュー内のプロキシ設定とweb-ブラウザ（Iceweasel）の編集メニュー内のプロキシ設定は適正にしておりweb sitesはどれも閲覧可能です。 > 原因は"shell-konsoleのプロキシ設定が適正でないためか（？）"と思い、いろいろ検索したのですが結局わからず改善しません。（そもそもshell-konsoleになんらかのプロキシ対応の設定が必要ですか？） > ちなみにproxy設定のないインターネット端末からはプロキシ設定など不要で、簡単にデータがとれます。たとえば「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」ｐ２３の "$ infoseqrefseq:NM_138712"など２０秒以内に同書記載の結果をダウンロードしてきます。今はもっぱら大学外でKnob 4.0を使用しています。何かアドバイスかご助言などいただけますでしょうか？お忙しい折、恐縮ですがよろしくお願いいたします。河 和善東北大学医学系研究科kawa-****@mail***** > > _______________________________________________ > Knob-friends mailing list > Knob-****@lists***** > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-friends > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2
