aminophen ありがとうございます．ベースライン補正が二重に適用されてしまっていました．ee1b6ee で直しました．
aminophen なんか縦組の細かいところばかり毎回指摘してすみません。修正ありがとうございます。
もう一点 lltjext で気づいた点があります。\ltj@lltjext@patch@array の定義中
というのがありますが、最後に \@arrayright を足した方がよいと思います。\p@array の中に \@arrayleft は入っていますので。
一応 MWE として： https://gist.github.com/aminophen/72c4e27f30877bd09bd146386632e35d
最後に \@arrayright を足した方がよいと思います。
64f3f68 で直しました．こちらこそ，いつもありがとうございます．
aminophen lltjext.sty に追加で：array 対策として、\tabular と \array は保存→復帰されていますが、もう一つ \csname tabular*\endcsname も必要な気がしています。たとえば今のものだと tabularx.sty → lltjext.sty の順で読むと、tabularx 環境が動かなくなります。
ありがとうございます，返事が遅れましたが，41c2b45a で \tabular* も退避させました．
Fork
また LuaTeX-ja 縦組で不可解な現象に遭遇しました。dcolumn パッケージ（array パッケージをさらに拡張して小数点揃えを可能にする）を使うと、数字が不自然に垂直方向にずれるところがあります（例示ソースでは D{.}{.}{-1}）。最近 TeX Live 環境を更新していないのですが「git で取得した 20160905.0 を使っているつもり」です。
ソースは https://gist.github.com/aminophen/aa155bd9171f02577e470e228a80fa16 に置きました。