Toshiaki Katayama
ktym****@hgc*****
2007年 2月 28日 (水) 03:16:19 JST
みなさま あっという間に今週末になりましたが、オープンバイオ研究会のプログラムが 決まりましたのでご参照ください。 http://open-bio.jp/?meeting6-abstract にも掲載しています。 以下のメールにあるように、宿泊の予約はまだ可能だそうですので、 飛び入り参加も歓迎です。よろしくお願いします。 片山 ---------- Forwarded message ---------- From: Kenji Satou <ken****@jaist*****> Date: 2007/02/27 23:57 Subject: [sigbmk][00135] 第３５回 人工知能学会分子生物情報研究会（SIG-MBI）プログラム決定のお知らせ To: sigbm****@yahoo***** 佐藤＠北陸先端大知識です。こんにちは。 表題の通り、今週末のSIG-MBIのプログラムが決まりましたので、お知らせ致 します。宿泊の方は一応締め切りましたが、若干空きがありますので、宿泊希 望の方は直接佐藤までメールで御相談下さい。 P.S. 初日の開始時刻が５分早まって、１３：４０からになりました。 御注意下さい。 ＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ 北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科 佐藤賢二 ken****@jaist***** 第３５回 人工知能学会 分子生物情報研究会（SIG-MBI）（オープンバイオ研究会と共催） −−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−− ３月２日（金）のプログラムは以下の通りです。 場所：北陸先端科学技術大学院大学 知識科学研究科講義棟２Ｆ 中講義室 13:40-14:00 タイトル：多重層進化系統プロファイリングアルゴリズムの開発によるRNA分子制御ネットワークの再構築 講演者：○谷内江望（慶應義塾大学先端生命科学研究所），中村浩之（慶應義塾大学先端生命科学研究所），根岸義輝（慶應義塾大学先端生命科学研究所），菅原潤一（慶應義塾大学先端生命科学研究所），沼田興治（慶應義塾大学先端生命科学研究所），斎藤輪太郎（慶應義塾大学先端生命科学研究所），冨田勝（慶應義塾大学先端生命科学研究所） 講演概要：近年のゲノムプロジェクト，トランスクリプトームプロジェクトに よって様々な生物の細胞内に非翻訳RNAが存在することが明らかとなったが， その機能の大部分は明らかでない．このようななかで，細胞レベルでRNA分子 とタンパク質分子のネットワークを得ることはそれらの細胞内の役割を理解す る上で重要である．しかしながら，そのような手法はこれまでバイオインフォ マティクス，実験生物学の双方を通じて開発されていない．我々は，現在ゲノ ムの明らかになっている真核生物，原核生物，古細菌をあわせた300種以上の 生物の遺伝情報をもちいて，共進化する分子の系統を多重層で評価し，RNA分 子とタンパク質分子のネットワークを再構築するアルゴリズムを開発した．本 アルゴリズムをもちいて大腸菌において生成したネットワークは，有意に既知 の非翻訳RNA分子とタンパク質分子との機能関係を再構築し，あらたなRNA分子 制御ネットワークを示唆した． 14:00-14:20 タイトル：SPLITS：イントロン介在型tRNA予測ソフトウェア 講演者：◯菅原潤一（慶應義塾大学先端生命科学研究所），谷内江望（慶應義塾大学先端生命科学研究所），相馬亜希子（立教大学理学部生命理学科），関根靖彦（立教大学理学部生命理学科），松井求（慶應義塾大学先端生命科学研究所），冨田勝（慶應義塾大学先端生命科学研究所），金井昭夫（慶應義塾大学先端生命科学研究所） 講演概要：tRNAの予測ソフトウェアでは，tRNAscan-SE，ARAGORNが広く用いられる．しかしながら，これらのソフトウェアはいずれもイントロンを介在するtRNAを正確に予測することができず，特に古細菌などの生物種では61種類のコドンを翻訳するための多くの必須tRNAが未発見である．我々は古細菌tRNAのイントロンが，バルジ−ヘリックス−バルジの二次構造を形成することに注目し，このようなtRNAを予測するためのソフトウェアSPLITSを開発した．さらに，現在ゲノムが公開されている古細菌全３０種を解析した結果，未発見となっている必須tRNAを全て補完することに成功した．本会ではそれらの妥当性検証とともに，tRNAの様々な動態を報告する． 参考URL：http://splits.iab.keio.ac.jp/ 14:20-14:40 タイトル：自己組織化マップによるRNA編集部位周辺塩基情報からのモチーフ抽出 講演者：○星野哲平（東京工業大学情報理工学研究科計算工学専攻小長谷研究室） 講演概要：RNA編集部位の周辺塩基情報に編集部位認識のためのモチーフが存 在すると考え,自己組織化マップを利用してのモチーフ抽出を試みた.対象とし た生物種における3000個あまりのRNA編集部位周辺塩基情報にどのような特徴 があるのかなどについて述べる. 14:40-14:50（休憩） 14:50-15:10 タイトル：eXpanda: Interactomeの統合解析プラットフォーム 講演者：○中村浩之（慶應義塾大学先端生命科学研究所），根岸義輝（慶應義塾大学先端生命科学研究所），今村春菜（慶應義塾大学先端生命科学研究所），谷内江望（慶應義塾大学先端生命科学研究所），斎藤輪太郎（慶應義塾大学先端生命科学研究所），冨田勝（慶應義塾大学先端生命科学研究所） 講演概要：近年，ハイスループットな実験手法の発達により，Protein Protein Interaction (PPI) など生体ネットワークの総体であるInteractome の予測・解析が盛んになっている．しかしながら，大規模かつ複雑なデータを ハンドリングしなければならないInteractomeの解析は，しばしばコーディン グの面から研究者に多大な負担を強いる．このため我々はInteractome研究の ためのプログラマブルなインターフェースを備えた統合解析プラットフォーム であるeXpandaを開発した．本ソフトウェアはPerlライブラリとして実装され ており，研究者はコード中でeXpandaのメソッドを呼出す事で，さまざまなデー タベースからネットワーク情報をインポートすることができ，その解析から可 視化までの全ての過程を従来と比較して格段に少ない工数で容易に実行するこ とが可能となった． 参考URL：http://medcd.iab.keio.ac.jp/expanda/ 15:10-15:30 タイトル：○有熊威（東京工業大学情報理工学研究科計算工学専攻小長谷研究室） 講演者：オントロジーを用いた薬物相互作用予測に関する研究 講演概要：ゲノム情報の蓄積を背景として、計算機上での薬物相互作用予測や 薬物動態の個人差予測の需要が高まっている。このような予測のために、薬物 相互作用情報を1)ネットワーク環境で共有し、2)薬物代謝パスウェイを動的に 構築する技術の確立が課題となっている。そこで、本研究では、Semantic Web 技術の一つであるOWL-DLを用いて、分子レベルの反応に関する知識をオントロ ジーとして表現し、共有する方法を提案し、実装を紹介する。 15:30-15:50 タイトル：進化計算を用いたGPCR活性型コンホメーションの探索研究 講演者：◯石野洋子（広島大学大学院理学研究科・量子生命科学プロジェクト研究センター） 講演概要：有望な薬物ターゲットであるが構造のわかっていないG蛋白質共役 型受容体（GPCR）について、分子動力学計算、ドッキングシミュレーション、 および実数値GAを組み合わせた方法を新たに提案し、活性型のコンホメーショ ンの探索を行った研究について発表する。 15:50-16:00（休憩） 16:00-16:20 タイトル：Message in A Bottle Of DNA 講演者：○Nozomu Yachie, Kazuhide Sekiyama, Junichi Sugahara, Yoshiaki Ohashi, Masaru Tomita. 講演概要：The practical realization of DNA data storage is a major scientific goal. Here we introduce a simple, flexible, and robust data storage and retrieval method based on sequence alignment of the genomic DNA of living organisms. Duplicated data encoded by different oligonucleotide sequences was inserted redundantly into multiple loci of the Bacillus subtilis genome. Multiple alignment of the bit data sequences decoded by B. subtilis genome sequences enabled the retrieval of stable and compact data without the need for template DNA, parity checks, or error-correcting algorithms. Combined with the computational simulation of data retrieval from mutated message DNA, a practical use of this alignment-based method is discussed. 16:20-16:40 タイトル：ベイジアンネットワークによるホモロジー検索結果からの配列選択規則の学習 講演者：○齋藤正貴（東京工業大学情報理工学研究科計算工学専攻小長谷研究室） 講演概要：BLASTは大量の結果を出力し，ユーザはそれらの中から必要な情報 を拾い上げなければならない．そこで本研究ではバイオの専門家が有効と見な したアラインメント集合から，アラインメントの判断基準をベイジアンネット ワークで学習した． 16:40-17:00 タイトル：E-Cell 3Dプロジェクトの紹介 講演者：○荒川和晴（慶応義塾大学先端生命科学研究所） 講演概要：慶應義塾大学先端生命科学研究所では細胞シミュレーションのため のソフトウェアプラットフォーム：E-Cellを開発しているが、システムバイオ ロジーが扱うデータは複雑であり、新しいデータ表現のインタフェースが望ま しい。このための新たな試みとして2006年に始まったE-Cell 3Dプロジェクト に関して簡単に紹介する。 17:00-17:10（休憩） 17:10-17:30 タイトル：BioRubyの系統樹データ構造の実装 講演者：○後藤直久（大阪大学微生物病研究所附属遺伝情報実験センター） 講演概要：BioRubyで進化・系統学データを解析するための第一歩として、 BioRubyに系統樹を格納するデータ構造であるBio::Treeクラスを実装した。グ ラフ構造を利用し、系統樹の根の位置の変更など柔軟な操作が可能である。概 要と今後の課題について報告したい。 17:30-17:50 タイトル：Combining R with Ruby: RSRuby 講演者：○Alex Gutteridge（Kyoto University） 講演概要：The R project for statistical computing (http://www.r-project.org/) provides an extensive set of statistical and scientific computing packages. I will present the RSRuby (http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~alexg/rsruby/) package for Ruby, which provides a system for accessing these R functions from a Ruby script. Variables are converted between Ruby objects and R types by an automatic and customizable conversion system. The package is implemented as a set of Ruby classes and a C extension for hooking into the R shared library. 17:50-18:10 タイトル：ActiveRecord による KEGG の正規化と動的なユーザーインターフェイス 講演者：○癸生川絵理（サイエンス・テクノロジー・システムズ株式会社） 講演概要：KEGGのユーザインタフェース向上を狙ったプロトタイプ作成のため、 Ruby on Rails の O/R マッパーである ActiveRecord を使用しKEGG データベー スのモデル化を行った。これを利用した KEGG のRails 化（KEGG on Rails） の試みについてご紹介させていただく。 18:10-18:30 タイトル：Ruby on Rails によるデータベース構築１０のアイデア 講演者：○片山俊明（東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター） 講演概要：Ruby on Rails はデータベースと連携したウェブアプリケーション を容易に開発できる Ruby 言語用のフレームワークで、バイオインフォマティ クスの分野でも注目を集めている。今回は、実際にウェブアプリケーションを 作ってみた経験から、ウェブなどであまり参考例を見つけることのできなかっ た技をいくつか紹介したい。 −−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−− ３月３日（土）のプログラムは以下の通りです。 場所：知識科学研究科講義棟３Ｆ 電算室内 パソコン演習室 10:00-11:00 ライトニングトーク １人５分以内で自己紹介をかねた発表を行う予定 （前日の昼から夜にかけて、発表募集が行なわれます） 11:00-14:30 ハンズオンセミナー (12:00-13:00 休憩) テキストを利用しオープンバイオ関連のツールを実習 * KNOB, G-language, BioRuby, ChemRuby, EMBOSS * BioConductor, RSRuby * KEGG on Rails ------------------------ Yahoo! Groups Sponsor ---------------------~--> …┏━┓┏━━┓ 急な出費に安心！ 》三菱東京UFJ銀行系 モビット《 …┗┓┃┃┏┓┃ ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ ……┃┃┃┃┃┃ ●限度額最高300万円 ●年利15.0-18.0％ ……┃┃┃┗┛┃ ●全国提携ATM68,000台 ●振込キャッシング ……┗┛┗━━┛秒で審査結果表示 『その場』でわかる！ http://ymb.jp/31pPlD/RPA7RA/ALy6RA/Z.7pfB/TM ---------------------------------------------------------------------~-> Help URL : http://help.yahoo.co.jp/help/jp/groups/ Group URL : http://groups.yahoo.co.jp/group/sigbmk/ Group Owner: mailto:sigbm****@yahoo***** ・モバイル: http://rd.yahoo.co.jp/egroups/050616info/1.html ・移行手続: http://rd.yahoo.co.jp/egroups/050616info/2.html ・利用規約: http://rd.yahoo.co.jp/egroups/050616info/3.html -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました...Descargar
