Kazuharu Arakawa
gaou****@sfc*****
2007年 7月 23日 (月) 10:05:38 JST
荒川＠ウィーンです。 今年のBOSCでは、オープンバイオを普及させるために、 1. トレーニングで簡単に使えるようにする 2. インストールしなければいけないハードルを下げる 3. ツールの選択、セットアップのハードルを下げる 以上のためにオープンバイオCDを作ろう、という話になりました。 Knoppixなどを使ったライブCDがいい、トレーニングや教育には 非常に便利、できればドキュメンテーションを付けたい、など 聞いたことある話ばかりでしたので、二階堂さんらによるKNOBや オープンバイオ本の取り組み、さらにEz-tune LiveCDの開発など、 日本のオープンバイオの取り組みを紹介し、実際にKNOB 3.0βを デモンストレーションしました。 後半はなんだかもうここまでいろいろできているならこれを 使えばいいか、というムードが漂ってきていました＾＾； ＃Ez-tune Live CDは多くの人が興味を持っていましたが、 ＃ドキュメントがいまのところ日本語しかないようなので、 ＃英語での情報が切望されていました。 片山さんのレポートにもありましたが、我々の取り組みはかなり 先駆的であることが再確認できたミーティングでした。頻繁かつ アクティブなミーティング、全員が参加できプロダクティブな オープンスペース、KNOBやそれが付属する本、ウェブサービス・ オントロジー・ビジュアライゼーションなどの重要なトピックに フォーカスをあてたミーティングなど、BOSCが必要としている ことの多くにすでに我々は取り組んでおり、かなり今回もBOSC に提言的ディスカッションを提示でき、日本のグループのプレゼンス を強く印象づけられた感があります。 来年のBOSCでは運営の準備から僕もある程度参加させてもらう ことになりそうですし、日本のオープンバイオから世界のオープンバイオ をよりよくしていくために、是非皆様も来年の参加を検討いただきたい と思います。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 On 2007/07/20, at 16:15, Toshiaki Katayama wrote: > 片山です。 > > 配送されないみたいなので再送します。２通届いたらごめんなさい。 > > これだけではアレなので > > http://open-bio.jp/archive/20070720_BOSC/ > > に、オープンバイオ研究会の紹介に使ったスライドを置いておきまし > た。 > > --- > > 荒川さん、みなさま > > この ML でアナウンスするのはいいアイデアですね。 > > On 2007/07/20, at 18:46, Kazuharu Arakawa wrote: >> 昨年の１０月より何度かオープンバイオ研究会で紹介させて >> いただきましたE-Cell 3Dのウェブサイトを公開し始めました。 >> http://ecell3d.iab.keio.ac.jp/ > > BOSC２日目も半分終わりました。 > > http://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2007 > > E-cell 3D の発表は予想通り好評で、昨年までもそうでしたが、 > 日本からの発表はかなり評価されていると感じます。 > > 今年の BOSC ですが、BioPerl, BioPython, BioJava, > BioRuby など > Bio* の project updates も適度な分量で良かったと思います。 > BioPython と BioJava は、進捗と今後の目標があまりはっき > りしない > 印象でしたけど、、 > > 一方で、myGrid/Taverna, GMOD, caBIO などプロジェクト主導の > ソフトウェアに関する発表が増えてきています。ゲノムプロジェクトを > 背景に発展した BioPerl などの Open Bio* に代わる方 > 向性として、 > ウェブサービス (SOAP) を利用したワークフロー系の話は > 理想のゴールが遠いにも関わらず、今のところまだ破綻することなく > まじめに取り組まれているんだなと思いました。 > > 昨年のブラジルでは、参加者の少なさもあり問題提起も議論も少ない > しょぼくれた BOSC でしたが、今年はサービスの相互運用性に > むけて、 > Bio* 間でのウェブサービスを意識したオブジェクトモデルの統一化を > 図ってはどうか、といった基盤レベルな話から、統合的な開発を促進 > する > フレームワークの話、コンピュータサイエンスとソフトウェア・ > エンジニアリングそのものに関する話まで、議題がいろいろ出てきて > 積極的にディスカッションされており、BOSC の時代はそろそろ > 終わったかなという昨年の印象が少し払拭されました。 > > また、日本のオープンバイオ研究会でいろいろやってきていることは > わりと BOSC の今後の方向性をリードしているところもあると > 感じました。 > > しかし myGrid, caBIO などの発表を見ると、ある程度規模の > ある > プロジェクト主導で出てくるソフトウェアやインフラが重要な役割を > 果たしているように思います。プロジェクト主導の場合モチベーショ > ンも > 明確ですし。 > > 日本でも統合DBプロジェクトなどで、たとえば Ralis > を使ったスキーマや > オブジェクトモデルとウェブサービスの標準化などを行って、 > サービスとして公開する、といった課題に真剣に取り組めば、 > 今回 BOSC で議論されている問題点の解消にある程度貢献しな > がら > 方向性を握ることができるような気がします。 > そういった取り組みで解決できない課題もまた多いのも事実ですので > バランスはすごく重要ですが。 > > Carole Goble さんのキーノートが BioFoo が多すぎるとかい > うところから > 始まって、クギをさされた感じでしたが、会全体の雰囲気としても > 統合化というのがひとつのトレンドになっている印象を受けました。 > > 最後に私の発表ですが、7/19 に BioRuby 1.1 をリリー > スし > 1.0 からの進捗を簡単にレポートしました。 > > http://bioruby.org/archive/doc/BR070719-bosc.pdf > > にスライドを置いています。 > > 午後から、日本のオープンバイオ研究会の活動を紹介するプレゼンを > 行う予定です。また荒川さんが KNOB のデモをされることにな > りました。 > > ではでは。 > > 片山＠ウィーン > > _______________________________________________ > open-bio-info mailing list > open-****@lists***** > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/open-bio-info
