Toshiaki Katayama
ktym****@hgc*****
2007年 9月 1日 (土) 16:04:17 JST
市瀬さん 丁寧なレビュー大変ありがとうございました。 頂いたご意見を参考に仕上げていきたいと思います。 > ktym> なお、レビューは open-****@lists***** 宛に forge が foge になっておりました。申し訳ありません。 片山 Begin forwarded message: > From: Natsuhiro Ichinose <ichin****@genom*****> > Date: 2007年8月31日 17:40:55:JST > To: ktym****@hgc***** > Subject: Fw: オープンバイオ本外部レビュー依頼 > > 片山さん、 > > open-bio-book@のアドレスがhost unknownでもどってきてしまったので、 > 念のためもう一度フォワードしておきます。重複してたらごめんなさい。 > > 市瀬 > > From: Natsuhiro Ichinose <ichin****@genom*****> > Date: 2007年8月31日 17:31:15:JST > To: open-****@lists***** > Cc: ktym****@hgc***** > Subject: Re: オープンバイオ本外部レビュー依頼 > > > オープンバイオ本筆者の皆様、片山様、 > > ktym> なお、レビューは open-****@lists***** 宛に > ktym> （ただし、このアドレスはちゃんと動いてないかもしれないので > ktym> 念のため片山にも Cc してください）随時お送りください。 > > ぎりぎりになりましたが、ご依頼のオープンバイオ本の > レビューをお送りします。 > > よろしくお願いします。 > > 市瀬夏洋 > > ---------------------------------------------------------------- > 全体 > > ○ 研究室の新人学生に読ませることを想定しましたが(ほとんど情報系)、 > 各課題の生物学的な問題設定の部分がもうすこし説明されているとうれしい > です。ステップバイステップの部分はわかりやすいと思います。 > ○ 節番号の付け方が章毎にまちまちっぽいです。 > (1章は1.1節から、2章は1節から等) > > 1章 > > ○ s/Wunsh/Wunsch/ > ○ 年表にNeedleman-Wunschは入れなくていい? > ○ 年表の各項目が、ゲノムプロジェクト、バイオインフォマティクス、インター > ネットのどれに対応するかわかるようになっているとうれしいかと思います。 > > 2章 > > ○ more,less,catが混在しているのがなんとなく気になります。 > ○ パイプ"|"やリダイレクション">"などおそらくわかりにくいものかと思い > ますので、付録シェル入門への参照があったらいいと思います。 > ○ 2節RT-PCRのプライマーを設計する、3節siRNAを設計する、でそれぞれの設 > 計問題が(バイオインフォマティクス的には)どのようなものかの簡単な説明が > あるといいかと思います。 > ○ 4節ドットプロットを作る、で「ワード長を短くすれば類似性が高い短い配 > 列からも，ワード長を長くすれば類似性が高い長い配列からのみ」がわかりに > くいです。 > > 3章 > > ○ 1.1節のはじめの方、s/用意に行うことが/容易に行うことが/ > ○ 2.2節のシェルの解説で、new G()がゲノムの情報を格納する重要なコマン > ドのようですが、このコマンドに対する説明がどこかに欲しいです。 > ○ $genomeという変数が暗黙にnew G()のオブジェクトをさしていると思われ > ますが、多少わかりにくい箇所があります。たとえば3.4節の最初の構文例な > ど。$genomeへの代入がそれまでに出てきていないので戸惑います。 > ○ 同様に3.2節で、new G($genome)という表記が出てきますが、これは正しい > でしょうか? > > 4章 > > ○ 1節、s/較べて/比べて/ (どちらでもいいのかも) > ○ 2.2.1節で最初の入力例はRに入った状態と思われますが、Rを立ち上げる所 > の入力例もあった方がいいと思います。 > > 5章 > > ○ 5.1節コラム、s/精密にモデルしている/精密にモデル化している/ (?) > ○ 同上、「一方で」が重複しているようです。 > ○ 5.4.1節と5.4.2節、結果の見方というか解釈みたいなものが説明されてい > るとうれしいです。 > > 6章 > > ○ 6.3.3.1節、PubChemは7つのSectionとありますが、下の表では6つしかない > ようです。 > ○ 6.6節、PPARGの表記が複数あるようです(PPARG-gamma,PPAR-γ,PPAR-gamma) > ○ 6.6.6節、「Thiazolidinedione骨格を含むでしょうか」の後にピリオド? > > > > > > > > > >
