http://kinako.logical-paradox.org/に接続できなくなることがあった問題について,解決?しました. mod_jkとTomcat側のConnectorの接続タイムアウトの設定が,無限大(=接続しっぱなし)になっていたためだと思われます. 一定以上アクセスがあると,新規の接続が受け付けられないようになっていました. 現在は比較的早くapache-tomcat間の接続をクローズするようにしたため,問題ないと思います.