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Descripción del Proyecto

BLAST is a set of similarity search programs
designed to explore all of the available sequence
databases regardless of whether the query is
protein or DNA. It uses a heuristic algorithm
which seeks local as opposed to global alignments,
and is therefore able to detect relationships
among sequences which share only isolated regions
of similarity. It can be run locally as a full
executable, and can be used to run BLAST searches
against private, local databases, or downloaded
copies of the NCBI databases. It runs on Mac OS,
Win32, LINUX, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF,
and HP- UX systems.

System Requirements

System requirement is not defined
Information regarding Project Releases and Project Resources. Note that the information here is a quote from Freecode.com page, and the downloads themselves may not be hosted on OSDN.

2012-03-06 07:43
2.2.26

Esta versión incorpora la aplicación de la explosión de acelerado de tiempo de dominio mejorado de búsqueda, un nuevo algoritmo de corrección (FSC) de tamaño finito y la aplicación de Makeprofiledb. Diversas correcciones de errores.
Tags: Bugfixes, major enhancements, Stable
This release adds the Domain Enhanced Look-up Time Accelerated BLAST application, a new finite size correction (FSC) algorithm, and the Makeprofiledb application. Assorted bugfixes.

2011-04-02 06:07
2.2.25

Esta versión incluye el soporte de la dificultad de enmascaramiento de bases de datos de BLAST. Se mejora el rendimiento de makeblastdb para la entrada de FASTA con un gran número de secuencias, y mejora la comprobación de errores. Mejor Permite Hit opciones y el formato XML para el modo de Blast2Sequences, múltiples secuencias de consulta para psiblast, y la especificación de cualquier secuencia de alineamiento de secuencias múltiples como el maestro. Agrega soporte para la consulta y duración de la sujeción a la salida tabular. El rendimiento de la alegación de la seqidlist-ha sido mejorada. Surtido de corrección de errores.
Tags: Enhancements, Stable
This release adds support for hard-masking of BLAST databases. It improves the performance of makeblastdb for FASTA input with large numbers of sequences, and improves error checking. Allows Best Hit options and XML formatting for Blast2Sequences mode, multiple query sequences for psiblast, and specification of any multiple sequence alignment sequence as the master. Adds support for query and subject length to tabular output. Performance of the -seqidlist argument has been improved. Assorted bugfixes.

2010-08-25 07:28
2.2.24

Esta versión introduce RÁFAGA formato de archivo para permitir la reformulación de búsquedas BLAST independientes con la blast_formatter. Se añade soporte para traducir enmascaramiento tema suave en las bases de datos de BLAST. Se añade soporte para las operaciones de rastreo de BLAST (BTOP) formato de salida. Añade opciones de línea de comandos para blastdbcmd por la publicación de bases de datos disponibles de BLAST. Mejora del rendimiento de formato de búsquedas BLAST remoto. Utiliza un código de salida coherente para salir de las condiciones de la memoria. Existe una solución para un error en Megablast indexado con varias bases de datos de BLAST, separados por espacios. El instalador de Windows se ha fijado para las instalaciones de 64 bits.
Tags: Enhancements, Bugfixes, Speedups
This release introduces BLAST Archive format to permit reformatting of stand-alone BLAST searches with the blast_formatter. It adds support for translated subject soft masking in the BLAST databases. It adds support for the BLAST Trace-back operations (btop) output format. It adds command line options to blastdbcmd for listing available BLAST databases. Improved performance of formatting of remote BLAST searches. Uses a consistent exit code for out of memory conditions. A fix for a bug in indexed megablast with multiple space-separated BLAST databases. The Windows installer has been fixed for 64-bit installations.

2009-04-17 20:54
2.2.20

Esta versión incluye el soporte para espacios de nombres de ruta en la base de datos en Windows, corrige un error en las consultas de pedidos, y modifica el algoritmo de 2-hit blastn para que no se permite la superposición entre las visitas. Blastn sin huegos búsquedas ahora permiten que la recompensa arbitraria / resultados pena. Seedtop ahora cuenta con el apoyo gilist.
Tags: Bugfixes, Enhancements
This release adds support for spaces in database pathnames on Windows,
fixes an ordering bug in queries, and modifies the 2-hit blastn
algorithm so that no overlap is allowed between hits. Ungapped blastn
searches now allow arbitrary reward/penalty scores. Seedtop now has
gilist support.

2008-12-18 17:37
2.2.19

La variable de entorno BLASTDB ahora soporta múltiples rutas de búsqueda de base de datos. Cuando sea posible, una pequeña tabla de búsqueda de la proteína se utiliza para mejorar el rendimiento. formatrpsdb ahora apoya la creación de grandes bases de datos de 2G. seedtop ahora admite búsquedas con las listas de GI. El valor de X3 para blastn / Megablast fue corregido.
Tags: Minor feature enhancements
The BLASTDB environment variable now supports multiple database search paths. When possible, a smaller protein lookup table is used to improve performance. formatrpsdb now supports creating databases larger than 2G. seedtop now supports searches with gi lists. The X3 value for blastn/megablast was corrected.

Project Resources

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