JOELib/JOELib2は、SMARTS構造式での検索、ディスクリプタ計算、パイプのフィルタリング/加工、ファイル形式の変換、外部プログラム(例えばGhemical)のインターフェースなどをサポートした化学情報管理(cheminformatics)ライブラリです。
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メイン アプリケーションは 2 つあります: 最初データに変換する遺伝子型 SNP ポロンポロンと鳴るマッハ、IMPUTE、BIMBBAM、ビーグル犬のようなさまざまな補完ツールの形式に第二に帰属データ ポロンポロンと鳴る、HAPLOVIEW、EIGENSOFT、SNPTEST のような別のファイル形式に変換します。読み取り可能なファイル形式: ポロンポロンと鳴る血統 (ped と地図)、ポロンポロンと鳴る-生ポロンポロンと鳴る用量、マッハ、マッキントッシュ、転嫁、ビーグル、snptest、bimbam。同様に出力の帰属のすべての種類も受け入れられます。FcGENE によって生成することができます形式: ポロンポロンと鳴る-血統、ポロンポロンと鳴る生ポロンポロンと鳴る用量、マッハ入力、マッキントッシュ入力、転嫁入力ビーグル入力、bimbam 入力、HAPLOVIEW 入力、EIGENSOFT 入力します。さらなる応用: - 必要な補完コマンドのコマンド補完の他のツールのテンプレートを取得する - MAF、むらさき & 速度に応じて品質管理。キーワード: 遺伝子変換、遺伝子型の形式の変換、補完出力、ポロンポロンと鳴る、IMPUTE、マッハ、マッキントッシュ、HAPLOVIEW、ビーグル、BIMBAM、EIGENSOFT。
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!TraceViewer は、彼/彼女のトレース データを効率的に分析するために望んでいる生物学者に必要ないくつかの機能を提供します。
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XMLPipeDB はデータの最低限のマニュアル処理と XML ソースからリレーショナル データベースを構築するためのツールのスイートです。適用性は、一般的な我々 のモチベーションはさまざまなソースからの生物学的データの管理を容易にだった。
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!ProbeMaker はオリゴヌクレオチドのプローブのセットの設計のためのフレームワークです。プローブを別のシーケンスの要素の構成のさまざまな種類のデザインをことができます。プラグイン機構で新しい機能を持つフレームワークを拡張をできます。
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神経生理学の図書館およびデータ ファイルの形式仕様を開くの共同開発をサポートし、オープン ソースのデータ処理ソフトウェア ツールの神経科学者を配布する Neuroshare が作成されます。
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RECLU is a reproducible clustering pipeline with multiple scales using capped analysis of gene expression (CAGE). This program discoveries numerous alternative transcription start sites (TSSs) with the biological implication for your sample. This directory contains the standalone program.
Register Date: 2014-03-17 09:16
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ゲノム配列に自分の探したい配列パターンをmatchさせることを始めとした生物情報解析ツール群
Register Date: 2004-10-18 00:44
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BUGJA (Bioperl Users Group in Japan:バグジャー) は、Perl のバイオ系のモジュール群である bioperl (http://www.bioperl.org/) の日本でのユーザーグループです。
日本語のドキュメントを整備したり、日本語で議論のできる場をつくっていきます。
Register Date: 2006-02-16 16:39
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JavaCV と OpenCV を使用して単純な顔検出プログラム。顔特徴抽出と顔認識を実装します。
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Jmol/JSmol は、3次元の分子化学構造のためのビュワーで、次のそれぞれ4つのモードで働きます。jQuery を用いる HTML5-only のウェブアプリケーションとして、Java applet として、スタンドアローンの Java プログラム (Jmol.jar) として、そして、"headless" なサーバーサイドのコンポーネント (JmolData.jar)として。 Jmol は次に示すような複数のファイルタイプに対応しています。PDB, CIF, SDF, MOL 形式の他、PyMOL PSE や Spartan のファイル、そして、Gaussian, GAMESS, MOPAC, VASP, CRYSTAL, CASTEP, QuantumEspresso, VMD, およびその他の量子化学計算プログラムからの出力など。 いくつかのデータベース( RCSB, EDS, NCI, PubChem, MaterialsProject )からは、直接ファイルを読み込むことができます。また、複数のファイルを読み込んで、同時に比較することができます。 豊富な記述言語とよく作りこまれた web API によって、ユーザのインターフェイスを簡単に最適化することができます。 インタラクティブなアニメーションと線形のモーフィングなどが可能です。Jmol のインターフェイスは、次のような目的に適しています。分光法における JSpecView、JSME における 2D → 3D 変換、POV-Ray の画像、そして CAD プログラムの 3D プリンティング (VRML export)。
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AUDocker の GUI !AutoDock ヴィーナのです.配位子の膨大な数の仮想スクリーニング継続的にことができます。偶発的なシャット ダウンの職場復帰に役立ちます.
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miRprimer ミールに固有のメソッドを使用して microRNAs の PCR の拡大のためのプライマーのデザイン RT qPCR (Balcells、i.、Cirera、s.、大道芸、p. k. (2011 年)。特定および敏感な定量的 RT-PCR 法によって DNA のプライマーとの Mirna の。BMC 製品。11, 70)。プログラムは Ruby で書かれていたし、開発者のソース コードと、.exe ファイルを簡単に使用が利用できます。
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!Open2Dprot n 次元タンパク質の定量化されたタンパク質発現データ解析のための bioinformatic ツールの開発のためのオープン ソースのプロテオミクス プロジェクト研究実験から複数のサンプル全体です。
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これは、プロジェクトを共有するアンドレの CellML に関するその他の人々 に彼の作品のツールが役に立つかもしれない。
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